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En el Torneo Apertura 2013, el Atlético Marte realizó su mejor desempeño en los torneos cortos del fútbol salvadoreño, ya que lideró la tabla de clasificación al término de la primera fase, por lo que logró entrar a semifinales, algo que no había sucedido desde el Clausura 1999. Bajo la dirección del técnico nacional Guillermo Rivera, el equipo se mantuvo invicto hasta la penúltima jornada, ya que cayó derrotado ante la Universidad de El Salvador en la fecha final de las dos vueltas de clasificación. Para 1955 el Atlético Marte se alzó con su primer título nacional que se decidía mediante dos rondas de todos contra todos, con una plantilla de jugadores que incluía a Manuel «Tamalón» Garay como portero; Antonio Montes, Armando Larín, Rutilio Rivera, y Luis «Loco» Regalado, como defensores; y completado por Conrado Miranda, que también ejercía como técnico, junto a los argentinos Gerónimo Pericullo, Juan Bautista Pérez y Raúl «Pibe» Vásquez.
Entre las temporadas 1986/87 y 1990/91 el Atlético Marte tuvo tres clasificaciones a semifinales, pero en noviembre de 1991 clasificó al torneo Recopa de la Concacaf tras superar al Luis Ángel Firpo. Tres años después, en la temporada de 1985, los «Mustang azules» se ubicaron al tope de la tabla tras las dieciocho jornadas, y clasificaron a la fase final junto al Club Deportivo Águila, Alianza Fútbol Club y Club Deportivo Luis Ángel Firpo, y entre ellos jugaron otra ronda de todos contra todos desarrollada en el estadio Cuscatlán. El Atlético Marte se ubicó como segundo lugar tras las veinte jornadas, por detrás del Club Deportivo Santiagueño, al que enfrentó en la final tras superar en semifinales al Alianza Fútbol Club. Numancia «B», 4.º clasificado del grupo al que venció 2-1, logrando clasificarse para la final de la promoción de ascenso en la que se enfrentó a la Gimnástica Segoviana C. F. (2.º clasificado) consiguiendo la victoria 2-1 y logrando volver a la categoría de bronce del fútbol nacional cinco años después. El Berlín había tenido 1 entrenador desde su promoción a la Bundesliga en 2019 hasta 2023. Werner Voigt, Frank Vogel., Georgi Vasilev y André Hofschneider han sido dos veces directores.
Además de ellos, Hermann Gerland (segundo entrenador) también se despedía ante unos 75 000 espectadores. Los malos resultados volvieron a llegar para el Atlético Marte en el Apertura 2014 lo que obligó al cese del entrenador Guillermo Rivera quien dejó al equipo en el penúltimo lugar de la tabla. En el Torneo Apertura 2013 la Real Sociedad quedó en primer lugar de la tabla y llegó nuevamente a la final nacional de la mano del técnico Héctor Castellón, pero esta vez contra el Real España de Hernán Medford. En el Torneo Apertura 2015 el equipo terminó en el noveno puesto a un punto por encima de la Universidad de El Salvador. Tras esa intervención, se supo que Sócrates había tenido problemas con el tabaco y el alcohol, ya conocidos durante su época profesional, que minaron su salud hasta el punto de sufrir una cirrosis hepática. La suerte no mejoró en el Clausura 2015 con dos entrenadores extranjeros -«Chiqui» García y Daniel Fernández- y tras una cerrada disputa por el último lugar de la tabla general con el Pasaquina F. C., los marcianos acabaron a un punto del conjunto oriental para abandonar nuevamente la Primera División.
Sumado a esto el recambio de entrenadores tampoco solventó la situación: Carlos Meléndez, Douglas Vidal Jiménez, Juan Sarulyte y Efraín Burgos se sucedieron para tomar la dirección del banquillo, pero a la llegada de la vigésima jornada del Clausura 2016 la UES se despegó a ocho puntos de distancia en el fondo de la tabla acumulada, con solamente seis en disputa en el campeonato, lo que sentenció el tercer descenso del cuadro bandera a la Segunda División. El Marte tenía entre sus filas a renombrados jugadores como Carlos «Cacho» Meléndez, José Luis Rugamas, Ramón Fagoaga, Marcial Turcios, Guillermo Ragazzone, José María «Mandingo» Rivas, y los uruguayos Raúl Esnal y Mario Figueroa. En este juego, camisetas baratas futbol el conjunto salvadoreño contó con el refuerzo de Luis «Cascarita» Tapia. Artículos principales: Anexo:Títulos oficiales de clubes del fútbol salvadoreño y Anexo:Clubes centroamericanos de fútbol ganadores de competiciones internacionales. En su corta historia, el Marte alcanzó la tercera corona consecutiva del fútbol salvadoreño en la temporada 1956/57, con otros futbolistas de renombre que reforzaron sus filas, entre ellos el portero Francisco «Paco» Francés, el argentino Rodolfo Baello y los nacionales Zenón Castillo y Julio César «Muñeca» Mejía.
