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El segundo también fue de Sergio, en el minuto 37, con un lanzamiento lejano que golpeó en Abreu, futbolista brasileño de la cantera, y sorprendió a Leo Franco. En el minuto 31, el Pichu Cuéllar, el exportero del Atlético, falló en un remate de cabeza de Luis García, que marcó el segundo. Sin embargo, no estaba todo decidido, y en el minuto 61 se marcó el gol de Piti a centro con la zurda de Manolo desde la banda derecha para su perfecto remate de cabeza al fondo de la red. Sin embargo, en el 82, Barral de volea recortó distancias y, en el 89, transformó un penalti que él mismo recibió, culminando la remontada. En el minuto 8, Sergio transformó un penalti cometido por Pablo sobre Valerón, adelantando al conjunto coruñés. En el 82 el Kun Agüero, tras recibir un rechace del portero a su propio disparó, decidió centrar para que Luis García marcase el 3-0. Por último, en el 86, Maxi Rodríguez transformó el penalti cometido por Pander sobre Simao, haciendo el definitivo 4-0. El Atlético de Madrid volvía a jugar la Champions once años después.
En el 36, tras una gran carrera de Sinama por la banda izquierda, Agüero controló el centro del francés y, con un potente zurdazo, marcó el 0-2. En el 54, tras una preciosa jugada al primer toque entre Simao y Luis García, Maniche dentro del área marcó el tercero. En el minuto 9, Agüero dentro del área pequeña aprovechó un gran pase desde la derecha de Luis García para batir al portero. En el minuto 22, Agüero cabeceó un centro de Perea para hacer el 1-0. En el 54, Forlán, en una jugada personal y tras marcharse de varios defensas del Schalke, fusiló la portería rival marcando el segundo. En el minuto 4, tras un excelente control, Agüero marcó un golazo ante el que nada pudo hacer el portero rival. En el minuto 14, un buen pase de Gerrard a la espalda de la defensa fue aprovechado por Keane que, solo ante el portero, marcó el 0-1. En el minuto 83, Forlán se aprovechó de un error de la defensa inglesa para dar un pase a Simao que, sin oposición, marcó el gol del empate. Aún no se resolvía el empate a puntos entre los dos líderes, y solo el golaverage general ponía como líder al Atlético por un gol.
Sin embargo, el Atlético supo sobreponerse a la adversidad y en el minuto 78 marcó Maxi Rodríguez dentro del área y de fuerte disparó cruzado. Sin embargo, dos minutos después, Gerard aprovechó una serie de rechaces en el área para marcar el empate. Sin embargo, no hubo tiempo para más, y el Atlético se llevó tres merecidos puntos, aunque continuó en la undécima posición de la tabla. La tercera jornada se jugó el 22 de octubre de 2008 en el Vicente Calderón, donde el Atlético recibió al Liverpool. Con este resultado se mantenía el empate a puntos entre los dos primeros clasificados: Liverpool y Atlético. El sorteo de la fase de grupos colocó al Atlético en el Grupo D junto al Liverpool FC, el PSV Eindhoven y el Marsella. La sexta jornada, última de la fase de grupos, enfrentó al Atlético de Madrid y al Olympique de Marsella en el Stade Vélodrome, con resultado de empate a cero. Poco a poco el Olympique se fue metiendo en el partido, y en el 16 Bonnart puso un centro medido para que Mamadou Niang restableciese el empate en el marcador. Para finalizar el partido, en el minuto 84, llegó el último gol, de Camacho a centro Simao desde la banda derecha.
En el minuto 80, Diego Costa marcó el 3-1 tras una combinación entre Maniche y Forlán, y con ello parecía el partido sentenciado. Contó anteriormente con una fase de pruebas para PC y luego para PlayStation 4 en el mes de abril. En la fase de grupos, el sorteo deparó como rivales a Liverpool, Marsella y PSV Eindhoven. El Atlético logró terminar segundo en el grupo con 12 puntos, producto de 3 victorias y 3 empates, tras el Liverpool, con 14 puntos. Con esta nueva victoria, el Atlético se mantenía líder empatado a puntos con el Liverpool, que había ganado frente al PSV. El Atlético de Madrid debió enfrentar en la tercera ronda clasificatoria de la Liga de Campeones al FC Schalke 04, derrotándolo por un global de 4-1 (0-1 en la ida y 4-0 en la vuelta). Con este encuentro finalizó la pretemporada del Atlético que, tras el partido de vuelta contra el Schalke 04, comenzó la temporada de forma fulgurante. Harden disputó 22 minutos por partido en su primera temporada en la NBA, promediando 9,9 puntos por partido. El Atlético se clasificó para octavos de final como segundo de grupo, con 12 puntos.
